Frenkie Schinkels war Trainer beim SKN St. Pölten und arbeitete gleichzeitig beim TV Sender Premiere Austria als so genannter "Experte". Frank Stronach holte Schinkels im Dezember 2004 als Chefscout zur Wiener Austria. Am 6. Mai 2005, am Tag nach dem abgebrochenen 0:3 gegen den GAK, wurde das Betreuerduo Günter Kronsteiner / Lars Söndergaard abgesetzt. Peter Stöger wurde Teammanager (vorher Sportchef der Amateure) und holte Frenkie Schinkels als Trainer der Kampfmannschaft.
Im ersten Jahr bei der Austria holte Schinkels gleich den einen Titel. Im ÖFB Cup-Finale siegte die Austria gegen Rapid mit 3:1. Im darauf folgenden Spieljahr 2005/06 konnte in eindrucksvoller Weise sogar das Double (Meister & Cupsieger) geholt werden.
Nach dem schlechtesten Start der Austria in der Bundesligageschichte wurde Schinkels am 23.10.2006 gemeinsam mit Sportdirektor Peter Stöger beurlaubt.
Am 18. Jänner 2008 wurde Frenkie Schinkels zum Sportmanager des SK Austria Kärnten bestellt. Der Vertrag wurde bis Sommer 2008 geschlossen, bei sportlichen Erfolg sollte sich er sich um zwei Jahre verlängern. Zunächst wollte er in Doppelfunktion auch noch Trainer beim Regionallisten FC Vöcklabruck bleiben, der Verein beendete jedoch am 24. Jänner 2008 die Zusammenarbeit. Bereits am 24. Februar 2008 übernahm er auch das Traineramt von Klaus Schmidt. Er sollte bis Saisonende als Sportdirektor und Trainer in Personalunion arbeiten. Am 15. April wurde der Vertrag vorzeitig bis 2011 verlängert mit Gültigkeit für erste wie zweite Liga. In der Saison 2009/10 lief es ganz schlecht und der SK Austria Kärnten lag abgeschlagen am Tabellenende. Am 21. November 2009, nach der klaren 0:3-Heimniederlage gegen den SV Mattersburg, ist Frenkie Schinkels als Trainer von Kärnten zurückgetreten.
Stationen als Trainer:
SC Stattersdorf (Spielertrainer), SC Harland, SV Gmünd, Kremser SC, ASK Kottingbrunn, SKN St. Pölten, Austria Wien (6. Mai 2005 - 23. Oktober 2006), 1. FC Vöcklabruck (22. Mai 2007 - 24. Jänner 2008), Austria Kärnten (24. Februar 2008 - 21. November 2009), Vienna (ab 26. April 2010, Vertrag bis Sommer 2011, beurlaubt am 29. August 2010)