Sebastian Wimmer spielte bei LASK Linz in der 1. Liga. Nach dem Zwangsabstieg (Lizenzentzug) des LASK in die Regionalliga im Sommer 2012 nahm er am Trainingslager der Austria in Kärnten teil und wurde getestet.
Er konnte in den Testspielen überzeugen und am 2. Juli 2012 gab die Austria bekannt, dass man sich mit dem Spieler auf einen Vertrag bis Sommer 2014 (+ Option) geeinigt hatte.
Am 2. August 2013 gab die Austria bekannt, dass Sebastian Wimmer für den Rest der Saison an den SC/ESV Parndorf verliehen wird. Nach seiner Rückkehr im Sommer 2014 konnte er sich auch beim neuen Trainer Gerald Baumgartner nicht wirklich empfehlen. Wimmer wurde am 1. September 2014, also am letzten Transfertag an den SV Horn verliehen. Nach dem Herbst wurde der Leihvertrag gelöst und Wimmer wechselte wieder leihweise diesmal zu SC Wr. Neustadt.
Am 9. Juli 2015 wurde bekannt, dass Sebastian Wimmer zum VfL Wolfburg wechselt, wo er in der zweiten Mannschaft (Regionalliga Nord) zum Einsatz kommen soll. Er unterschrieb zunächst einen Ein-Jahres-Vertrag bis Sommer 2016.
Vereine:
Bad Wimsbach (2000 - 2011), Fußballakademie Linz, LASK Linz (2011/12), Austria Wien (ab Sommer 2012, Vertrag bis Sommer 2016), SC/ESV Parndorf (Leihweise 2013/14), SV Horn (Leihweise Herbst 2014), SC Wr. Neustadt (Leihweise Frühjahr 2015), VfL Wolfsburg II (ab Sommer 2015, Vertrag bis Sommer 2016)
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)