Angefangen hat der gebürtige Linzer als Stürmer, damals beim LASK, wo Vater Karl als grimmiger Verteidiger das war, was man einen gestandenen Bundesligaspieler nennt. Weil aber nicht jeder stürmen kann wie die Vorbilder aus dem Fernsehen, ist Kiesenebner durch die Aufstellungen gewandert, von Position zu Position, erst in Pasching, wo er den Weg des Dorfklubs zum Bundesligisten das Stück von der zweiten Landesliga in die Regionalliga mitging, und dann wieder beim LASK. Sein erstes Bundesligator schoss er gegen die Austria. Nach heftigem Transferstreit mit Gericht und allem drum und dran war er dann selbst Violetter, von Arie Haan aus Linz geholt, und die eigentliche Geschichte des Spielers Kiesenebner konnte beginnen.
Im April 2002 wegen einer Patellasehnen-Verletzung auf dem OP-Tisch gelandet und unter Walter Schachner im Sommer ist er dann aufgrund seines Trainingsrückstands nicht mehr zum Zug gekommen. Unter Trainer Christoph Daum wechselte er im Jänner 2003 für eineinhalb Jahre leihweise nach Pasching, wo er einen großen Schritt nach vorne in seiner Entwicklung gemacht hat. Zuvor verlängerte die Austria seinen Vertrag noch bis Sommer 2005. In Pasching unter Trainer Georg Zellhofer wurde er zum Nationalspieler und Leistungsträger. So schaffte der Verliehene den Sprung zurück zur Austria, wo sich die Wogen nach der stürmischen, wenn auch national erfolgreichen Daum-Zeit mit ihren Nachwehen inzwischen auch geglättet hatten. "Ich habe mir dadurch, dass ich weg war, sicher viel Theater erspart", sagt Kiesenebner, eine fixe Größe in einer Mannschaft, die sonst nicht unbedingt von so genannten Einheimischen geprägt wird.
Kiesenebner ist der einzige Spieler, der von Frank Stronachs sicher teurem und bald wieder beendetem Versuch geblieben ist, die hoffnungsvollsten Österreicher quasi in der Casa Austria zu vereinen. Und "er ist der Gegenbeweis zur falschen Behauptung, Österreicher könnten sich bei der Austria nicht durchsetzen", wie Sportdirektor Günter Kronsteiner sagt.
Markus Kiesenebner lehnte im Mai 2007 das neue Angebot der Austria ab. Beim letzten Spiel der Meisterschaft 2006/07 gab es einen unrühmlichen Abschied. Kiesenebner wurde von Trainer Zellhofer aus dem Kader geschmissen, er war zu spät zum Treffpunkt gekommen. Am 1. Juni 2007 wurde sein Wechsel für dreieinhalb Jahre zu Lilleström SK bekanntgegeben. Nach einer langen Verletzungspause kündigte Lilleström den Vertrag mit Kiesenebner im Oktober 2008.
Erfolge:
1 x Österreichischer Meister (Austria Wien 2005/06)
3 x Österreichischer Cupsieger (Austria Wien 2004/05, 2005/06, 2006/07)
Bisherige Vereine:
USW Babenberg, FC Linz, ASKÖ Pasching, LASK Linz (- 2001), Austria Wien (2001 - 2002), SV Pasching (2003 - 2004), Austria Wien (Sommer 2004 - Mai 2007), Lilleström SK (Sommer 2007 - gekündigt Oktober 2008), SCR Altach (Frühjahr 2009), FC Pasching (2009 - 2011)
Privates:
Im Mai 2006 heirate Markus Kiesenebner Freundin Michaela und fehlte daher im freundschaftlichen Länderspiel zwischen Österreich und Kroatien am 23. Mai. Am 22. Februar 2007 brachte Gattin Michaela Sohn Matteo zur Welt.
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)