Die Austria gab am 1. Juli 2009 bekannt, dass Manuel Wallner für zwei Jahre mit Option auf eine weitere Saison unter Vertrag genommen wurde. Wallner wurde als Ersatz für Christian Ramsebner geholt, der kurzfristig nach Wr. Neustadt gewechselt ist.
Der damals 20jährige Innenverteidiger spielte in der Saison 2008/09 beim ADEG-Ligisten SV Grödig und machte dort 27 Meisterschafts-Spiele, des weiteren war er eine Fixgröße im ÖFB-U21-Nationalteam.
Am 4. Mai 2011 zog die Austria die Option auf Vertragsverlängerung bis Sommer 2012. Der mit Sommer 2012 auslaufende Vertrag wurde dann nicht mehr verlängert und Manuel Wallner wechselte zum SC Wiener Neustadt.
Vereine:
KAC (9/1995 - 2/1997), AKA Kärnten FC Kärnten (2/1997 - 8/2008), SV Gröding (2008/09), Austria Wien (Juli 2009 - Sommer 2012), SC Wiener Neustadt (ab Sommer 2012)
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)