Im Sommer 2009 wechselte der vielfache Nachwuchsteamspieler nach Tschechien zu Sparta Prag, machte dort 30 Meisterschaftsspiele und sammelte auch in der Champions League-Qualifikation bzw. der Europa League wertvolle, internationale Erfahrung.
Am 31. Jänner 2011 wurde bekannt, dass Niklas Hoheneder von Sparta Prag zur Wiener Austria wechselt. Hoheneder wurde zunächst bis Sommer 2011 ausgeliehen, danach hat man eine Kaufoption mit einer Vertragsverlängerung bis Juni 2014. Trainer Karl Daxbacher kannte den Oberösterreicher aus seiner Trainertätigkeit beim LASK sehr gut, unter ihm bildete er zumeist gemeinsam mit Michael Baur das Innenverteidigerpaar der Linzer.
Hoheneder kam bei der Austria kaum zum Einsatz. So war es auch nicht verwunderlich, dass die Austria die Kaufoption nicht zog. Am 19. Juni 2011 wurde bekannt, dass Hoheneder zum Karlsruher SC in die zweite deutsche Liga wechselt. Der KSC kauft den Abwehr-Allrounder aus seinem Vertrag bei Sparta Prag (bis 2012) heraus.
Erfolge:
Tschechischer Meister 2009/10 (Sparta Prag)
Meister Erste Liga 2006/07 (LASK Linz)
Vereine:
Union Lembach, SK VÖEST Linz (1995 - 1998), LASK Linz (1998 - 2009), AC Sparta Prag (Sommer 2009 - Jänner 2011), Austria Wien (Frühjahr 2011), Karlsruher SC (Herbst 2011, urspr. Vertrag bis 2013), RB Leipzig (ab Jänner 2012)
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)