Marko Stankovic ist der Sohn von Dejan Stankovic welcher in der österr. Bundesliga bei Vorwärts Steyr und DSV Leoben spielte. Marko Stankovic begann beim DSV Leoben mit dem Fußball. Er spielte bis zu seinem Wechsel im Sommer 2007 zu Sturm Graz, mit Ausnahme zweier Gastspiel beim ASK Voitsberg nur für DSV Leoben. Sein Debüt in der 1. Bundesliga feierte er ausgerechnet am 11. Juli 2007 gegen Austria Wien, als er in der 83. Minute eingewechselt wurde. Seinen Zweijährigen Vertrag bei Sturm Graz verlängerte er nicht und wechselte bereits im Jänner 2009 zum italienischen Zweitligisten US Triestina. Sein Vertrag bis 2012 wurde im Sommer 2010 aufgelöst so das er ablösefrei zur Wiener Austria wechseln konnte.
Bei der Austria unterschrieb er zunächst einen Vertrag bis Sommer 2012 + 1 Jahr Option. Am 15. Mai 2012 gab die Austria bekannt, dass Stankovic für zwei weitere Jahre bis 2014 an die Austria gebunden wurde. Zudem hat der Verein eine Option für ein weiteres Jahr. Am 30. April 2014 gab die Austria bekannt die Option nicht zu ziehen, Stankovic verlässt damit die Austria mit Saisonende.
Erfolge:
Österreichischer Meister (Austria Wien 2012/13)
"Young Star des Jahres" in der Ersten Liga 2007
"Bruno" für den Aufsteiger des Jahres 2007
3. Platz bei der U17-EM 2003 in Portugal
Vereine:
DSV Leoben (1991 - 2007), ASK Voitsberg (Leige 2002-2003 und 2005), Sturm Graz (Sommer 2007 - 31. Jänner 2009), US Triestina (Jänner 2009 - Sommer 2010), Austria Wien (Sommer 2010 - Sommer 2014)
Legende:
E ... Einsätze
EW ... Einwechslungen
T+ ... Geschossene Tore
T- ... Tore erhalten (nur für Tormänner)
S ... Siege
U ... Unentschieden
N ... Niederlagen
G ... Gelbe Karten
GR ... Gelb-rote Karten
R ... Rote Karten
M ... Spielminuten
M/T+ ... Minuten pro geschossenes Tor
M/T- ... Minuten pro erhaltenes Tor (nur für Tormänner)