Mag. Thomas Janeschitz wurde im Sommer 2005 Nachfolger von Johann Dihanich als Co-Trainer der Kampfmannschaft. Nach dem Erfolgreichen Spieljahr 2005/06, wo die Austria das Double gewinnen konnte, wurde er Cheftrainer der Austria Amateure (Vertrag bis Sommer 2009).
Am 29. November 2008 gab Janeschitz bekannt das er nach Ende der Herbstmeisterschaft die Austria Amateure verlassen wird. Er wurde vom ÖFB abgeworben und wurde Leiter der ÖFB Traineraus- und -fortbildung.
Vereine als Trainer:
Rapid Wien U11 - U14 (1999 - 2001), AKA Admira Mödling U 19 (2001 - 2002), FSA Frank Stronach Akademie U 19 (2002 - Juni 2005), Co-Trainer Austria Wien (Juni 2005 - Mai 2006), Austria Wien Amateure (12. Juni 2006 - 29. November 2008), ÖFB Leiter der Traineraus- und -fortbildung (ab Jänner 2009)