Peter Stöger beendete seine erfolgreiche Karriere als Spieler bei Untersiebenbrunn im Sommer 2004. Danach bekam er das Angebot bei Untersiebenbrunn als Manager zu arbeiten. Jedoch die prekäre finanzielle Situation bei den Marchfeldern machte es unmöglich eine Mannschaft zusammenzustellen. Stöger lehnte das Angebot ab. Danach kam das Angebot von Frank Stronach Manager der Austria Amateure zu werden. Das Ziel war damals mit den Amateuren den Aufstieg von der Regionalliga in die RedZac 1. Liga zu schaffen. Diese reizvolle Aufgabe nahm Peter Stöger an und der Aufstieg in die zweithöchste Liga wurde auch geschafft.
Am 6. Mai 2005, am Tag nach dem abgebrochenen 0:3 gegen den GAK, wurde das Betreuerduo Günter Kronsteiner / Lars Söndergaard abgesetzt. Peter Stöger wurde Teammanager und er machte Frenkie Schinkels zum Trainer der Kampfmannschaft. Noch in diesem Jahr wurde mit dem Cupsieg (3:1 gegen Rapid) ein Titel gewonnen. Im darauf folgenden Spieljahr 2005/06 konnte die Austria sogar das Double (Meister & Cupsieger) holen.
Nach dem schlechtesten Start der Austria in der Bundesligageschichte wurde Stöger am 23.10.2006 gemeinsam mit Trainer Frenkie Schinkels beurlaubt.
Am 30. Mai 2012 gab die Austria bekannt, dass Peter Stöger Trainer der Wiener Austria wird. Er unterzeichnete einen Vertrag für 2 Jahre.
Vereine als Trainer/Sportdirektor:
Manager der Austria Amateure (Sommer 2004 - Mai 2005), Sportdirektor Austria Wien (Mai 2005 - Oktober 2006), Sportdirektor Vienna (Juli 2007 - Juni 2010), Trainer Vienna (Oktober 2007 - 26. April 2010), Trainer GAK (26. November 2010 - Sommer 2011), Trainer SC Wr. Neustadt (Juni 2011 - Mai 2012), Trainer Austria Wien (ab 30. Mai 2012, Vertrag bis Sommer 2014)
Erfolge als Trainer/Sportdirektor:
2 x Ă–sterreichicher Meister (Sportdirektor Austria Wien 2005/06, Trainer Austria Wien 2012/13)
2 x Ă–sterreichischer Cupsieger (Austria Wien 2004/05, 2005/06)
2 x Meister Regionalliga Ost (Austria Wien Amateure 2004/05, Vienna 2008/09)
Seit Sommer 2011 besitzt Peter Stöger die UEFA-A-Lizenz als Trainer.