Nach dem Ende seiner Karriere als aktiver Spieler blieb Willi Kainrath der Fußballbranche treu und war als Trainer in verschiedenen Vereinen tätig. Seine Trainerlizenz erwarb er 1971 unter dem legendären Leopold Stastny, die A-Lizenz 1979 unter Teamchef Karl Stotz.
Ab 15. August 1980 - 1982: Co-Trainer beim FK Austria Wien unter Erich Hof