Nach seiner aktiven Karriere im Sommer 2003 wurde er Trainer in der Frank-Stronach-Akademie in Hollabrunn. Gleichzeitig übernahm er als Spielertrainer den FC Mönchhof (2. Liga Nord Burgenland). Beim FC Mönchhof musste er bereits nach wenigen Spielen den Spielertrainer aufgeben und war nur mehr als Spieler aktiv. Die Arbeit in der Frank-Stronach-Akademie war zu zeitaufwendig. Im Jänner 2003 wurde er Co-Trainer bei der Amateurmannschaft der Austria Wien unter Cheftrainer Thomas Janeschitz. In der Herbstsaison 2007 übernahm er das Amt als Cheftrainer beim SC Schwanenstadt. Nachdem der Klub 2008 nach Niederösterreich unter dem neuen Namen FC Magna Wiener Neustadt verlegt wurde, wurde Manfred Schmid vom Chef- zum Co-Trainer an der Seite von Helmut Kraft.
Auch unter Peter Schöttel und Peter Stöger war Manfred Schmid dann Co-Trainer beim SC Wiener Neustadt. Seinen mit Dezember 2011 auslaufenden Vertrag bei Wiener Neustadt hat er dann nicht verlängert. Er kehrte zur Austria zurück und sollte Akademie-Individualtrainer werden. Nach der Ablöse von Karl Daxbacher wurde er jedoch zum Co-Trainer der Kampfmannschaft unter Ivica Vastic bestellt.
Als im Sommer 2012 Peter Stöger neuer Cheftrainer wurde bliebt Manfred Schmid Co-Trainer. Er hatte dann einen großen Anteil am Meistertitel für die Austria. Nach dem Abgang von Peter Stöger zum 1. FC Köln machte er sich berechtige Hoffnungen zum Cheftrainer aufzusteigen. AG-Vorstand Thomas Parits schloss diesen Karrieresprung jedoch aus und präsentierte Nenad Bjelica als neuen Cheftrainer. Schmid gab darauf seinen Abschied bekannt.
Nur wenige Stunden später wurde bekannt, dass Manfred Schmid in den Betreuerstab von Peter Stöger zum 1. FC Köln wechselt.
Vereine als Trainer:
Frank Stronach Akademie - BNZ Trainer (2003 - Jänner 2007), Spielertrainer FC Mönchhof (Herbst 2003), Co-Trainer Austria Amateure (Jänner 2007 - Jänner 2008), SC Schwanenstadt (23. Jänner 2008 - Mai 2008), Co-Trainer FC Magna (Juni 2008 - Dezember 2011), Co-Trainer Austria Wien (Jänner 2011 - Juni 2013), Co-Trainer 1. FC Köln (ab Juni 2013)