Ernst Baumeister wurde Trainer der Austria Amateure (damals Prater Austria Memphis Amateure) nach dem Aufstieg aus der Wiener Liga im Sommer 1998. Baumeister wurde dann "Interimistischer Nachfolger" von Herbert Prohaska im Mai 2000 als Trainer der Kampfmannschaft. Er schaffte, was einer Legion von Trainern zuvor versagt blieb: Einen Sieg gegen Rapid nach über vier Jahren, oder 17 Derbys.
Vereine als Trainer/Funktionär:
SV Traun (Spielertrainer) (1993 - 1996), FC Linz BNZ (1996 - 1998), Austria Amateure (1998-2001), Austria Wien (Interimscoach Mai 2000), Austria Wien (Co-Trainer 2001), SV Pasching (Interimscoach August 2002), FC Gratkorn (2002), U19 Nationalmannschaft (Co-Trainer 2003), SC Frauenkirchen (2004), SC Untersiebenbrunn (3/2004 - 10/2004), Admira Wacker Amateure (ab Sommer 2005 - Feb.2006), Admira Wacker (Feb. 2006 - Juni 2008), Union Mauer (Sommer 2009 - Sommer 2013), ASV Draßburg (Frühjahr 2014), Admira/Wacker (Sommer 2015 - Sommer 2016), Admira/Wacker (Sportlicher Leiter ab Sommer 2016)