Karl Daxbacher führte die Amateure Mannschaft der Austria von der Regionalliga in die Red Zac Erste Liga (2. Divison). In der Ersten Liga sorgte er mit dem Amateuren für Furore und wurde sogar Herbstmeister. Im Mai 2006 wurde sein Vertrag von Sportdirektor Peter Stöger nicht mehr verlängert. Sein Nachfolger wurde Thomas Janeschitz der bis dahin als Co-Trainer der Kampfmannschaft tätig war.
Am 21. April 2008 gab die Austria bekannt, dass Karl Daxbacher ab der Saison 2008/09 neuer Trainer der Kampfmannschaft wird. Daxbacher unterschrieb einen Einjahres-Vertrag, der sich bei Erreichen eines internationalen Startplatzes automatisch um eine weitere Saison verlängert. Daxbacher holte den Cupsieg und wurde in der Bundesliga Dritter, somit erfüllte er die Vorgabe für die Vertragsverlängerung.
Am 26. März 2010 wurde der Vertrag von Karl Daxbacher als Cheftrainer neuerlich um ein Jahr verlängert, wieder mit der Option das sich der Vertrag mit Erreichen eines internationalen Startplatzes automatisch um ein Jahr verlängert.
Nach der Aufsichtsratssitzung der Wiener Austria am 20.12.2011 wurde beschlossen, dass Trainer Karl Daxbacher und sein Co-Trainer Josef Michorl beurlaubt werden. Begründet wurde die Entscheidung, die nach weiteren Gesprächen des Vorstands am Mittwoch fiel, mit der Negativserie der Austria in der Bundesliga (nur 1 Sieg aus 9 Spielen). Statt an der Spitze überwinterte die Austria mit vier Zählern Rückstand auf Erzrivale Rapid sowie die SV Ried am vierten Tabellenrang. Davor setzte es zwei herbe Pleiten gegen Meister Sturm in Graz (1:5) und in Salzburg (0:3). Neuer Cheftrainer wurde mit sofortiger Wirkung der bisherigen Amateure-Trainer Ivica Vastic.
Trainerstationen:
Kremser SC, Leistungszentrum St. Pölten, ASV Statzendorf, Horn, SV Würmla, SKN St. Pölten, Austria Wien Amateure (2002/03 - 2005/06), LASK (2006/07 + 2007/08), Austria Wien (Sommer 2008 - 21. Dezember 2011), LASK Linz (Sommer 2012 - 16. März 2015), SKN St. Pölten (Juni 2015 - Oktober 2016), FC Wacker Innsbruck (ab Jänner 2017)
Erfolge als Trainer:
Ă–sterreichischer Cupsieger (Austria Wien 2008/09)
2 x Meister Erste Liga (LASK Linz 2006/07, SKN St. Pölten 2015/16)
Meister Regionalliga Ost (Austria Amateure 2004/05)
2 x Meister Regionalliga Mitte (LASK Linz 2012/13, 2013/2014)